基本的に、最終面接のお礼メールは、一次・二次と同じく面接の合否に影響しませんし、送らなくてもマナー違反にはなりません。
ただし、自分の想いや入社意欲などが込められたメールは、印象アップにつながることは間違いありませんし、場合によっては合否に影響する可能性もあります。

例えば、他の応募者とほとんど同じ評価で「合格するかどうか」のボーダーラインにいる場合、お礼メールが最後の後押しになる可能性はあります。

最終面接は、一次・二次面接とふるいにかけられ、残った少ない応募者に対して行われています。ですのでお礼メールは、採用担当者の目に留まりやすいでしょう。
多くの企業では、最終面接は社長（取締役クラス）が担当するので、メールの内容が社長と話をしたことについて書かれていた場合、担当者がメールを転送するなどして、社長に読んでもらえるかもしれません。

また、第一志望ではないとしても、最終面接までたどりついた企業に対しては、何かしら想うことがあるはずです。その想いを伝えないのはもったいないです。

まず、お礼メールは最終面接が終わった後にすぐ送るようにしましょう。
面接終了が午後の遅い時間だった場合、次の日の午前中に送るようにしましょう。つまり、面接当日か翌日の午前中までがベストとなります。
それより遅いタイミングで送っても「対応が遅い」と、逆にマイナスの印象を与えてしまうおそれもあるので、注意が必要です。

また、営業時間外の深夜や休日にメールを送るのは、例え先方のタイミングで確認できるとはいえ、ビジネスシーンではマナー違反です。
一般的な企業であれば、9時～18時が営業時間となっていますので、この時間内に送信するようにしましょう。

お礼メールの構成は「件名」→「宛先」→「本文」→「署名」の順番で書きます。

まず「件名」は、誰から、何のメールが届いたのかが一目で分かるようにしましょう。
次に「宛先」は、会社名・部署名・役職名など正式名称で書きましょう。株式会社を（株）などに略すのはNGです。
「本文」の構成は「あいさつ → お礼 → 感想 → 締めの挨拶」でまとめましょう。

最終面接のお礼メールは、最後の一押しという意識で、読みやすい文章を心がけましょう。
面接時に印象に残ったことを思い出しながら、改めて志望動機や質疑応答での気づき、入社後に具体的に何に対して貢献できるか、などを分かりやすく簡潔に伝えるようにしてください。
面接官が社長や取締役クラスの場合、社風や理念についての共感を示せるとなおよいでしょう。

最後に「署名」は、自分の名前、メールアドレス、電話番号、住所を間違いないように記載します。

メールのマナーと書き方については「面接終了後のお礼メールの書き方を例文付きで紹介！」で詳しく解説しているので、参考にしてみてください。